Νέα γονιδιωματική μέθοδος: Διάγνωση σε 145 οικογένειες με σπάνιες παθήσεις

Μια πρωτοποριακή γονιδιωματική τεχνική επέτρεψε σε δεκάδες ανθρώπους με σπάνιες παθήσεις να λάβουν διάγνωση που μέχρι σήμερα θεωρούταν αδύνατη. Η μέθοδος αυτή εντοπίζει πολύπλοκες δομικές γενετικές μεταβολές οι οποίες συχνά διαφεύγουν από τις κλασικές διαγνωστικές εξετάσεις.

Πώς δημιουργήθηκε η νέα μέθοδος

Η έρευνα πραγματοποιήθηκε από το Wellcome Sanger Institute, το Genomics England, το Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust και άλλους διεθνείς συνεργάτες. Οι επιστήμονες ανέλυσαν γονιδιώματα από 13.700 γονείς και παιδιά που συμμετείχαν στο πρόγραμμα 100,000 Genomes Project, μια τεράστια βρετανική πρωτοβουλία που στοχεύει στην κατανόηση των γενετικών αιτιών των σπάνιων νοσημάτων.

Οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι πολλές από τις γενετικές μεταβολές που επηρεάζουν την ανάπτυξη των παιδιών είναι δομικές παραλλαγές (structural variants – SVs). Οι μεταβολές αυτές δεν αφορούν μια απλή αλλαγή ενός «γράμματος» στο DNA, αλλά μεγάλες αναδιατάξεις ή διαγραφές τμημάτων του γονιδιώματος.

Τι είναι οι δομικές παραλλαγές

Οι δομικές παραλλαγές αποτελούν αλλαγές που συμβαίνουν όταν ένα τμήμα DNA —συνήθως πάνω από 50 νουκλεοτίδια— αναδιοργανώνεται, αντιστρέφεται ή διαγράφεται. Όταν αυτές οι μεταβολές εμφανιστούν στα ωάρια ή τα σπερματοζωάρια, μπορούν να οδηγήσουν σε αναπτυξιακές διαταραχές ή σπάνια νοσήματα.

Ακόμη πιο περίπλοκες είναι οι πολύπλοκες δομικές παραλλαγές (complex structural variants), όπου η αναδιοργάνωση συμβαίνει ταυτόχρονα σε πολλά σημεία του γονιδιώματος. Αυτές οι μεταβολές είναι δύσκολο να ανιχνευθούν, καθώς οι περισσότερες διαγνωστικές τεχνικές εξετάζουν μικρά, απομονωμένα τμήματα DNA. Για να αναγνωριστούν οι πραγματικές αλλαγές, χρειάζεται να εξεταστεί μεγάλο τμήμα του γονιδιώματος συνολικά – κάτι τεχνικά πολύ απαιτητικό.

Η καινοτομία της μελέτης

Η νέα μελέτη, που δημοσιεύθηκε στις 3 Νοεμβρίου στο περιοδικό Nature Communications, ανέπτυξε έναν πλήρως νέο υπολογιστικό μηχανισμό (pipeline) για την ανίχνευση και ταξινόμηση των δομικών παραλλαγών.

Με αυτή τη μέθοδο, οι ερευνητές εντόπισαν 1.870 διαφορετικές δομικές μεταβολές στα γονιδιώματα των οικογενειών που μελετήθηκαν. Εντυπωσιακό είναι ότι 1 στις 8 από αυτές τις παραλλαγές ήταν πολύπλοκη, ενώ οι μισές περίπου δεν είχαν εντοπιστεί ποτέ από τις υπάρχουσες κλινικές εξετάσεις.

Οι επιστήμονες κατάφεραν να κατατάξουν τις μεταβολές αυτές σε εννέα υποτύπους, ανάλογα με το πώς επηρέαζαν τη λειτουργία των γονιδίων και την εμφάνιση συμπτωμάτων. Αυτή η κατηγοριοποίηση άνοιξε τον δρόμο για πιο ακριβή διάγνωση και καλύτερη κατανόηση της σχέσης ανάμεσα στη γενετική βλάβη και την ασθένεια.

Νέες διαγνώσεις για 145 οικογένειες

Χάρη στη νέα τεχνική, οι ερευνητές μπόρεσαν να δώσουν σαφή γενετική διάγνωση σε 145 παιδιά με σπάνιες παθήσεις. Για πολλές οικογένειες, αυτή ήταν η πρώτη φορά που έλαβαν συγκεκριμένη απάντηση για την αιτία της ασθένειας του παιδιού τους — μια πληροφορία ανεκτίμητης σημασίας για τη θεραπεία, την πρόγνωση και τη γενετική καθοδήγηση.

Περίπου 60 από αυτά τα παιδιά παρουσίαζαν γενετικές μεταβολές που είναι ιδιαίτερα δύσκολο να ανιχνευθούν με τις κλασικές μεθόδους, γεγονός που υπογραμμίζει την αξία της νέας προσέγγισης.

Σύνδεση δομικών παραλλαγών με διάφορες παθήσεις

Οι ερευνητές παρατήρησαν ότι οι δομικές αναδιατάξεις διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στην ανάπτυξη πολλών παθήσεων, όπως:

• Νευρολογικές και νευροαναπτυξιακές διαταραχές,

• Σκελετικές ανωμαλίες,

• Δερματικά σύνδρομα, και

• Ασθένειες των νεφρών.

Επιπλέον, διαπίστωσαν ότι ο τύπος της δομικής μεταβολής επηρεάζει άμεσα τη βαρύτητα και το είδος της πάθησης. Αυτή η πληροφορία μπορεί να οδηγήσει σε πιο στοχευμένες κλινικές παρεμβάσεις και προληπτική παρακολούθηση των ασθενών.

Ένα βήμα πιο κοντά στην εξατομικευμένη ιατρική

Η μελέτη αυτή δείχνει ξεκάθαρα ότι η κατανόηση των σπάνιων παθήσεων δεν εξαρτάται μόνο από την ανίχνευση «μικρών» μεταλλάξεων, αλλά και από τη χαρτογράφηση του τρόπου με τον οποίο μεγάλες δομικές αλλαγές συνδυάζονται και αλληλεπιδρούν.

Ο Δρ. Hyunchul Jung, κύριος συγγραφέας της μελέτης από το Wellcome Sanger Institute, δήλωσε: «Αυτή η νέα μέθοδος μας επιτρέπει να εντοπίζουμε και να αναλύουμε πολύπλοκες δομικές παραλλαγές, ανοίγοντας νέους δρόμους για την κατανόηση και πιθανώς τη διαχείριση των παθήσεων. Δεν πρόκειται μόνο για το να βρούμε μια διαγραφή ή μια αντιστροφή στο DNA, αλλά να δούμε πώς αυτές οι αλλαγές συμβαίνουν μαζί – κάτι που μέχρι τώρα δεν μπορούσαμε να παρατηρήσουμε».

Προοπτικές για το μέλλον

Η ανακάλυψη αυτή αποτελεί σημαντικό βήμα προς μια νέα εποχή στη διάγνωση των σπάνιων νοσημάτων. Η εφαρμογή της μεθόδου σε μεγαλύτερους πληθυσμούς θα μπορούσε να αποκαλύψει χιλιάδες αδιάγνωστες περιπτώσεις και να βελτιώσει τη φροντίδα ασθενών παγκοσμίως.

Επιπλέον, η λεπτομερής χαρτογράφηση των δομικών μεταβολών μπορεί να βοηθήσει τους επιστήμονες να κατανοήσουν πώς εξελίσσονται οι παθήσεις και να αναπτύξουν πιο στοχευμένες θεραπείες στο μέλλον. Η νέα γονιδιωματική μέθοδος δεν αποτελεί απλώς ένα τεχνικό επίτευγμα· είναι ελπίδα για εκατομμύρια οικογένειες που αναζητούν απαντήσεις για σπάνιες και ανεξήγητες ασθένειες.